De acuerdo a una investigación cartográfica sobre la ruta que seguirá el Tren Maya, llevada a cabo por el grupo de geógrafos Geocomunes y el Consejo Civil Mexicano para la Silvicultura, detalló que 330 kilómetros (34%), no cuentan con derecho de vía, por lo que se tendría que indemnizar y expropiar a los dueños.
Se requerirán de 40 metros de ancho para los caminos y la infraestructura del Tren Maya, de acuerdo a los contratos que está licitando Fonatur.
Ante la situación, el presidente Andrés Manuel López Obrador indicó que no se expropiarán tierras para el Tren Maya, llevando la contraria de lo que ha mencionado el director de Fonatur, Rogelio Jiménez Pons, quien ha informado que se necesitarán 2 mil millones de pesos para este pago de derecho de vía.